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        日本创办的第一所国立大学，也是亚洲创办最早的大学之一，公认为日本最高学府，是亚洲一所世界性的著名大学。它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校。如果追溯得更远些，最早是幕府时期设置的“兰学”机构“天文方”、昌平坂学问府、种痘所历经演变而来。明治维新初期，日本政府公布了“新学制令”，为向欧美学习打开门户，于 1877 年根据文部省指示将上述两校合并，定名为东京大学。当时已有一定规模，在校生有 500 余人，设有文学、法学、理学、医学 4 个学部，不久文部省兼管的东京法律学校并入该校，隶属法学部。 1886 年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了“帝国大学令”，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学；并开始设置研究生院。成为一所名符其实的大学。 1887 年制定了“学位令”后，增设博士 和大 博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系， 10 年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少国家领导级的人物。

        二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了“东京帝国大学”中的“帝国”二字，重新恢复了最早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、第一高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有 10 大学部， 11 个研究生院， 12 个研究所，数万师生员工的综合大学。 1986 年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选 10 所世界著名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。

        东京大学的科学研究力量强大，机构众多，共有 12 个研究所和 13 个供全校乃至全国共同使用的研究中心。

　　医学研究所　早在明治时期由痘苗制造所、传染病研究所、血清药物院三部分组成，后三家合并为传染病研究所由内务省管理，战后改名为医学研究所置于东大管辖之下。它是东京大学以及日本大学中相当有名的研究所，把传染病、癌以及其它特殊疾病的有关病理和治疗的研究作为主要研究对象。研究的内容有细菌、病毒、寄生虫等病原物特征特性，致病的病因机理，致病生物的细胞学、分子生物学，遗传病的发生原因、规律及治疗，癌的发生发展，抗癌手段等一系列当前医学上重大理论问题和应用问题。共设有25 个研究室，附设有实验动物饲养、动物致病试验，微生物菌株保存，遗传基因破译、分子病研究等部门，亦有一所附属医院。该所有许多人员因医术高明、学业有成在世界上享有盛誉，杉村隆因在胃癌研究中心对癌细胞突变、致癌物的研究成绩卓著，曾获日本文化勋章。在致癌物研究方面知名的人物还有松岛泰次郎等人。

　　地震研究所 是日本该领域唯一的研究所。 1925 年设立、理论研究项目有地震波，地震发生机理，火山的地质、物理、化学、海啸，海底地震等；应用研究上有地震、火山、海啸的预测预报，抗震建筑，地震探矿等，还设有强震预测中心和地震预报观测中心，在全国各地设立有近 20 个地震、火山、海啸观测所（站）。

　　东方文化研究所 致力于东方文化的综合研究，吓分泛亚、东亚、南亚、西亚等研究室。其中以对中国的研究最为全面，力量最强，资料十分丰富，研究涉及政治、经济、军事、文化、艺术、历史等领域，附设有东方文化广献中心

　　社会科学研究所 从研究范围上分为两方面，一是社会科学的综合性研究；二是重在比较方面的研究，目光瞄准当代国际社会，从当代政治、法律、经济、社会文化等方面进行全球的比较研究。还设有供外来人员参加研究的现代日本社会研究室。

　　史料编纂所 是历史悠久的史料馆，负责史料的研究、整理编辑和出版。从上至古代、中世纪到近现代的史料，古书散乱记录，特殊史料均在整理编录之内。

　　应用微生物所 研究常见微生物的基本特性及应用，包括发酵工程遗传育种及保存，酶、抗生素的生物合成工程，活性研究，基因转换等，附设有微细藻类综合中心。

　　生产技术研究所　的前身是东京帝国大学第二工学部，主要从事军工产品的生产和运用，现为东京大学规模最大的研究所，设有 44 个工程技术研究室，其中多元数值信息处理工程研究室为客座教员研究室。并附设有千叶实验场，计测技术开发中心，尖端材料开发研究中心，灾害减轻国际工程研究中心，特殊电子学研究中心等机构。

　　社会情报研究所 设有传播媒体、信息传播、信息与社会 3 个研究室，附设传播媒体资料中心。

　　宇宙线研究所 进行天体物理研究，包括超高能量的强相互作用、弱相互作用，中子物理、宇宙线的观测及研究等。

　　原子核研究所 着重于原子核及基本粒子的实验研究以及有关的基本理论研究，研究内容有原子核瓜，放射能，高能粒子加速器装置，中子测定，高能粒物理，原子核测定装置等。其中超高真空学、中间能物理为吸收外国研究学者的客座研究室。

　　海洋研究所 是日本该领域唯一的研究所，承担海洋方面的综合基础研究任务。有海洋的物理、气象、海洋的化学、生物学、海底结构及地质、海洋的生态，海洋微生物、海洋资源环境调查，海洋渔业开发等研究室，并拥有两艘海洋考察船。

　　物理研究所 进行材料特性实验研究及有关理论的研究，如物质极限特性，浓缩性，放射性，新材料开发等。其中固体特性、极限特性等二室为客座教员研究部门。

　　这些研究所中，宇宙线所、原子核所、海洋所、物理所为全国共同使用的研究所。

    大型中心

    除此以外，东京大学还有 3 个全国共同使用的大型中心：

    大型计算机中心，据称是世界上最大计算机中心，装有 8 台新型 M-200H 电子计算机系统，容量大，外围设备齐全，分时系统能力很强。由文部省直接支持，为文部省所辖大学服务，这样就构成了以东京大学为中心的东京都的计算机网络，统筹计算机的使用和调度。全东京都的大学教师和学生都有资格成为用户，为大学的教学和研究提供了方便的条件。

    东大文献中心， 1968 年改名为“学术信息中心”，收集全国各大学的学术研究信息，为高校的学术情报提供服务。

    气候系统研究中心，根据气候模型进行气候系统的研究，有 4 个重点学科。这些全国性共同使用机构，由文部省投资进行设备更新和组织人力，吸收外来人士，包括国外研究学者和国内其它大学教员，设备对外开放，实际上已成为全国性的科学研究中心。

　　此外，东大还有综合研究资料馆、低温中心、同位素综合中心、原子能综合研究中心、教学用计算机中心、环境安全中心、遗传实验室、留学生中心、尖端科学技术中心、人工物理工程研究中心、保健中心等部门。